Se scrivi codici su linux e pretendi che girino su windows senza problemi, allora buttati su un linguaggio interpretato o semi-interpretato (tipo java). Lascia perdere i linguaggi compilati in nativo, se non sei già pratico con queste cose ti incasini soltato (e in ogni caso la cosa migliore da fare è usare una virtual machine).
Questo si traduce in: se sei indeciso tra python e c++, vai di python.

SpeedJack ha detto:

The Pitfalls of Java as a First Programming Language
Java è ottimo per la produzione, ma non per imparare. Non è adatto come primo linguaggio di programmazione.

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Io gliel'ho consigliato prevalentemente perché è multipiattaforma, e lui ha fatto notare che programma su linux dei tools che userà su windows. Non avevo fatto un ragionamento su quale sia il miglior linguaggio da cui iniziare.
Comunque sia anche da questo punto di vista credo che java non sia poi così male, quel paper non mi ha convinto, anche perché si nota che sono "leggermente" di parte quando parlano di ada e programmazione low-level (per la quale java di sicuro non basta).
Non ho molte argomentazioni personali, secondo me per iniziare un linguaggio vale l'altro, basta che lo si impari come si deve senza cambiare linguaggio dopo aver imparato a far quattro cose in croce. Il principale motivo per cui credo che java e python(*) siano dei validissimi linguaggi di programmazione per iniziare è perché sono di gran lunga i più utilizzati dalle migliori università al mondo



(*) python soffre gli stessi "problemi" che gli autori dell'articolo associano a java, tra cui: non prepara alla programmazione di basso livello (gestione della memoria e puntatori), difficoltà immaginarsi il codice macchina generato, incoraggia la programmazione a mo di lego (a mo di idraulico, prendendo tools già pronti), etc...

Intanto su linux ogni programmatore che si rispetti usa eclipse e non netbeans, in ambito professionale netbeans è davvero bistrattato (e a ragione).
Se devi fare degli scripts per linux normalmente si usano bash, ksh o csh e non ci si butta sulla creazione di eseguibili.
Se vuoi programmare in C++ puoi falro ma chiaramente dovrai scrivere in modo da garantire la portabilità, e questo richiede un po' di esperienza.

Scaricati eclipse, il jdk e vai di java