Personalmente, dipende dalla tua esperienza. Come è già stato detto, la VM presenta spesso problemi di incompatibilità, specie con le schede di rete, ma limita i danni possibili al pc, essendo Linux (in particolare Kali) un sistema molto delicato. Se però hai la completa conoscenza di cosa toccare e cosa no, conviene il dual boot (magari con Parrot, un po' meno delicato di Kali).