Da ssh sudo shutdown -P now
oppure sudo poweroff
. Altrimenti puoi programmarlo per spegnersi ad un certo evento, che sia un orario o la pressione di un bottone fisico. Spegnerlo brutalmente staccando la corrente puo' causare problemi ma solo se interrompi una scrittura su disco (microSD) in quel momento esatto (potrebbe corrompersi il filesystem, comunque niente che non si risolva con una formattazione, forse anche meno).