Bhe, se vuoi rifare l'installazione da capo cancellale pure
in / non toccare nullache è meglio.. occupati solo di $HOME, il resto son tutte directory che usa il sistema e che sono essenziali, speialmente /run che contiene i socket e le i file di molti programmi
selinux non ne sono sicuro ma credo sia una directory utiizzata dal modulo SELinux