Il modding di un app è una cosa abbastanza complessa.
Ce ne sono di 2 tipi:
Moddare le risorse (Quindi la possibilità di cambiare testi/immagini/colori.
Moddare il codice.
Quest'ultimo richiede conoscenze di un linguaggio chiamato smali (molto simile all'assembler).
Il tool che si usa principalmente per la compilazione/decompilazione è apktool (Affiancato a keystore, se non erro, per inserire una chiave corretta nell'apk, alla fine)