Innanzitutto cosa vorresti implementare? E poi come vorresti gestire la cosa? Prima devi sapere la base teorica.Potresti darmi una mano? Sai, ho cominciato a studiare il C# ma ci sono veramente un sacco di cose da sapere, e per fare solo una botnet non ne varrebbe la pena anche se sicuramente troverò anche altri modi per usare il C#..
Diciamo che comunque volere o volare lo devo studiare. Sarebbe fantastico trovare un sorgente di una botnet e studiarci sopra, prendere spunto ecc.. Ma trovarlo un sorce valido e senza virus..
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Questo è uno schema che potresti seguire:
1) Prendi un server, ci fai girare uno script php in background che cattura richieste http oppure anche solo sockets e salva i dati dei clients per la connessione, come ip e porta per esempio.
2) Dal tuo computer richiedi allo script sul server di farti avere i dati aggiornati oppure accedi direttamente tramite ftp o ssh.
3) Una volta avuti i dati dei clients mandi i pacchetti che ti servono per comunicare con loro e fargli fare cosa vuoi tu.
E' un concetto semplice di networking dove il server fa da middleman, dai un'occhiata a UdpClient o a fsockopen(), ma se non sai programmare è inutile.