libertà nella modifica del codice - joomla (almeno dal mio punto di vista)
SEO - wordpress e qui c'è poco da discutere
Plugin e componenti - nè hanno tutti e due a milioni sia free che a pagamento
community - ho chiesto e trovato aiuto soltanto per joomla, ma solo perchè con joomla smanetto di piu'
Menu e categorie - mi paice di piu' come è strutturato joomla per esempio se ad un menu assegnare un solo articolo, una serie di articoli di una categoria, link esterni, opzioni per l'utente ecc...
Conclusione:
Joomla agli inizi per chi non è esperto o non lavora in questo campo forse è quasi inutile per quante possibilità offre, WP invece se non avete particolari esigenze è perfetto per blog o simili, joomla è nato senza uno scopo ben preciso ma proprio per questo potete farci quello che vi pare,cmq tutti e due offrono tantissime possibilità per costruire siti di qualunque natura.
Sono tra i primi cms al mondo, hanno una grande community e con il ca**o che sono pieni di bug, i due cms non hanno nessuno bug da poter sfruttare, almeno per hacker di basso livello "BM", sono invece i componenti che a volte possono avere dei bug...