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Sono degli archivi (esattamente come gli .zip) usati per tenere assieme tanti file .CLASS (i file oggetto di java) e tutte le altre risorse che possono servire al tuo programma (es. immagini, file di testo, file audio, ecc).
Quando ho detto "esattamente come gli zip" lo intendevo proprio in modo letterale, di fatto sono dei file .zip rinominati in .jar (ovviamente per crearli si usa il compilatore di java).
PS.
È tutta roba che trovi facilmente anche su wikipedia o sulla documentazione di java (1, 2, 3).
