Clean code è un libro che da dei principi per aumentare la produttività degli sviluppatori, la readbility dei loro codici, in quanto al lavoro tutti lavoriamo su snippets di tutti, e l'estendibilità.
Pragmatic Programmer, in entrambe le edizioni mantiene lo stesso scheletro, è più un libro da cultura personale, per farti degli esempi ti da continui esempi(in perl ed in bash) di come automatizzare l'input o i test su snippets(nel 2019 è altamente improbabile che utilizzerai questa metodologia al lavoro), ti da una visione di eccezione diversa da quella che ti da clean code ed è più improntato sulla programmazione difensiva.
Se dovessi fare un'estrema sintesi brutale dei due ti direi: Clean Code è più un libro da sviluppatori sul mondo del lavoro, Pragmatic Programmer è più da progettisti di API o studenti.
Ciò non vuol dire che l'uno prevale sull'altro o che uno dei due è da non leggere. È importante leggerli entrambi per vedere come le stesse cose vengono esaminate da diversi punti di vista a seconda degli scenari.