Preciso la risposta:
quello è il linguaggio di "batch processing" di Windows. Significa che quando viene eseguito quel file, viene eseguita su terminale (Prompt dei comandi) una riga alla volta del contenuto del file.
Convertire un file batch in eseguibile (exe) non risolve nulla. Cambia soltanto il programma che serve ad aprirlo: per vedere il contenuto di un file batch serve il notepad; per vedere il contenuto di un file eseguibile serve (ad esempio) IDA Pro.
"Criptare" il contenuto è impossibile. Questo è sempre impossibile: se è un codice che deve essere eseguito allora il processore del computer, per eseguirlo, dovrà necessariamente vedere il codice in chiaro (e quindi, in qualche modo, chiunque può leggerlo). Si può rendere questo lavoro più difficile ma alla fine, in realtà, è più una perdita di tempo.
Sconsiglio vivamente l'apprendimento del linguaggio di batch processing per Windows, è una perdita di tempo. Se vuoi imparare a programmare, studia un linguaggio di programmazione. E magari con Unix/Linux invece che con Windows.