Andiamo per ordine:
Un microcontrollore (spesso abbreviato con "uC" nei testi tecnici) è semplicemente una piccola CPU, con il suo set di istruzioni Assembly e i suoi PIN di espansione per collegarla ad altri dispositivi per riuscire a controllarli attraverso un programma. La loro potenza di calcolo è ovviamente ridotta perchè vengono impiegati in applicazioni di tipo "embedded", ovvero dispositivi di piccole dimensioni molto specializzati, che devono compiere pochi specifici compiti, ti basti pensare ad un sistema di antifurto, tipica applicazione delle schede Arduino.
Di conseguenza, sia Arduino che Digispark e tutte le altre schede programmabili che vedi sul mercato non sono altro che schede a microcontrollore, ovvero circuiti stampati già pronti per permetterti ti collegare la scheda ad altri componenti elettronici come un display LCD o un sensore di temperatura o un piccolo motore e programmare la CPU per controllare tutti i componenti. La differenza tra le due da te citate sono radicali, usano processori diversi (ATMega per Arduino e ATtiny85 per Digispark), hanno PIN diversi, memoria di dimensioni diverse. L'unica cosa che accomuna le schede è che sono entrambe schede a microcontrollore e possono entrambe essere programmate con l'IDE di Arduino, che supporta la maggior parte delle schede di questa categoria sul mercato a patto che tu scarichi i relativi plugin.
I PIN non sono altro che ingressi che vanno direttamente al processore, collegando con un cavo un LED ad un PIN di Arduino puoi controllare la tensione applicata a quel PIN (o "piedino"), e la tensione influenza il comportamento del componente o circuito collegato a quel PIN. Sia Arduino che Digispark hanno PIN digitali e analogici, la differenza è che in un PIN digitale la tensione può essere impostata solo a 0V (0, LOW) o 5V (1, HIGH), mentre i PIN analogici supportano la Power Width Modulation, abbreviata con PWM, che è una tecnica per generare segnali analogici partendo da uno digitale attraverso la generazione di un'onda quadra, che equivale a mettere un PIN digitale a 0 e 5V ripetutamente. Questi concetti sono molto più semplici da capire se hai qualche nozione di elettronica, e in particolare se sai la differenza tra elettronica analogica e digitale. Una spiegazione sul PWM dal sito di Arduino in caso non fosse chiaro:
https://www.arduino.cc/en/Tutorial/PWM
Ti ho già risposto in un altro post, rileggilo.
Non so cosa tu intenda per "hardware USB" ma puoi dare un'occhiata alla piedinatura delle due schede per capire cosa ciascun PIN può fare e al relativo datasheet delle schede per sapere i componenti montati sul circuito stampato e le caratteristiche tecniche:
Piedinatura Digispark
Schema elettrico Digispark
Piedinatura Arduino UNO
Schema elettrico Arduino UNO
Datasheet Arduino UNO
Ti ringrazio tantissimo! Sei bravissimo!