I warning non dipendono dall'architettura della freebsd da cui compili, dipendono dal compilatore e dal codice sorgente.
Più vai avanti con i compilatori, più aggiornati sono, più ti faranno notare codice deprecato o ti warneranno codice da migliorare, questo perché
il compilatore diventa sempre più intelligente. Il warning in questione dell'array bounds dovrebbe esistere da gcc 4.6 in su.
In ogni caso, se proprio ti fa schifo risolverli, puoi utilizzare dei flags nel Makefile del progetto in questione per "nasconderli"
(cattiva pratica, non la consiglio come cosa)
Esiste il flag -w che nasconde tutti i warning, oppure puoi utilizzare flag che nascondono un determinato warning, penso che in questo caso puoi usare
-Warray-bounds, resta comunque più clean pulirli se sono warning importanti, esistono anche "falsi positivi" che vale la pena nascondere
poiché chi ha scritto il codice sa che sono di natura innocua, ma questo come ti ho detto, è chi scrive il codice a saperlo.