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Personalmente, li ho provati tutti e due, e quello più completo, cosi, alla prima installazione, mi è sembrato NetBeans. Integra anche un profiler, più altri svariati tools.
Dipende da quel che devi sviluppare, NetBeans possiede un utilizzo a livello grafico molto completo, dato che scrive il codice lui, mentre che su eclipse devi scriverlo tutto tu a mano.
Poi ognuno ha i suoi gusti, personalmente preferisco Eclipse.