Funziona esattamente così. In generale, vengono utilizzati svariati algoritmi per crittografare le comunicazioni via radio: AES, RSA, 3DES e via dicendo. Gli stessi che vengono utilizzati per la cifratura dei file.Dunque se ho capito bene funziona un po come la cifratura di un file con rsa/dsa e poi viene trasmesso.
In base al livello di sicurezza che si vuole raggiungere, poi, si sceglie un algoritmo più o meno sicuro. Ad esempio per una rete casalinga non è certamente necessario un algoritmo di massima sicurezza, mentre per una rete governativa sì.
Esistono, inoltre, specifici algoritmi che vengono sviluppati, ad hoc, in base alla tecnologia utilizzata per lo scambio delle informazioni (Wi-Fi, bluetooth, ecc.).
In ogni caso, è una pratica che si fa da molto tempo ed è nata, come diceva il buon @MRPants, in ambito militare. La tecnologia era più rudimentale, ma la sostanza era la stessa. Ad esempio, i soldati comunicavano attraverso la radio, ma utilizzavano qualcosa come, la butto lì, il cifrario di Cesare per trasmettere i messaggi. In questo modo se qualcuno avesse intercettato la comunicazione verbale, dall'esterno, non avrebbe capito nulla. Stessa cosa veniva attuata anche per le comunicazioni tramite telegrafo.
P.s: il cifrario di Cesare, in realtà, non veniva utilizzato perché non era abbastanza sicuro, in quanto le tecniche di crittoanalisi dell'epoca permettevano di scoprire subito la chiave utilizzata per la cifratura.