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se c'e' una gui ti basta inserire istanzadellaclasse.frame.setVisible(false)
Java:
ChatClient client = new ChatClient(); //dichiara ed istanzia
client.frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE); //close
client.frame.setVisible(false);//setta visibilita'
client.run();//run
piccolo esempio di una classe che ho adottato per fare una mini chat in java [questo era il client e la sua gui,che naturalmente era impostata true per essere visibile]