Dipende da te e da ciò che vuoi fare.
MonoGame manca di moltissime feature già pronte (testate e rifinite) in Unity3D.
Quindi fatti due domande: ti piace concentrarti sullo scrivere il gameplay senza preoccuparti troppo di dover scriverti anche molte feature aggiuntive? Vai con Unity, che ti permette di essere più produttivo sotto questo aspetto. Altrimenti MonoGame è divertente in quanto ti permette di affrontare varie problematiche nascoste da Unity. Inoltre, se ti è piaciuto XNA, MonoGame ne è il diretto successore.