Guarda, sinceramente non mi sembra un ottimo affare installare Kali su una USB, al massimo opterei per lanciarlo in modalità live (con tutte le dovute limitazioni). Un'alternativa potrebbe essere utilizzare un HardDisk esterno (possibilmente SSD) in modo da avere prestazioni migliori.
Anyway per rispondere in maniera specifica alla tua domanda: sì hai bisogno di due USB per la fase di installazione.
La prima USB (con scritta sopra la ISO di kali) per avviare il processo di installazione
La seconda USB (formattata e vuota) da usare come memoria di installazione
Finita l'installazione, in teoria, basterà usare la seconda USB come partizione d'avvio