Ho scoperto il problema.. Nel mentre ho startato il MySQL ho attribuito ai vari utenti (sito, registrazione, utente completo ed altri) diversi poteri. Adesso vado a vedere che nel file di configurazione.php i dati inseriti non sono quelli relativi all'utente del sito (con diverse restrizioni) ma, bensì, sono quelli dell'utente root normale (non è root ovviamente l'user). In pratica, qualche malfattore, sfruttando il basso livello di sofisticatezza del sito ha messo KO il MySQL. Affiancato a questo problema ci stanno anche script mal messi che hanno mandato in loop il MySQL dando origine al fantomatico 1040 Too many connection.
Vedrò cosa fare, ma, sono molto amareggiato. Piu' di quanto possiate esserlo voi.